Für den Nationalpark werden fünf Kletterzonen definiert, in denen das Klettern auf den bestehenden Routen wie bisher erlaubt ist, und in denen auch Neutouren in gewissem Rahmen möglich sind. Diese Kletterzonen sind:
1. Reiteralm
Zum Nationalpark gehören von diesem Gebirgsstock nur die Ostseite nach Norden hinauf bis zum Wachterlsteig, wobei aber die Felswände von Edelweißlahner bis Eisberg ohnehin noch außerhalb des Parks liegen. Die Kletterzone Reiteralm umfasst nun den restlichen östlichen Felsabbruch der Reiteralm vom Edelweißlahner bis Mühlsturzhorn/Stadelmauer, so dass an der Reiteralm mit Ausnahme des Bereichs zwischen Eisberg und Wachterlsteig kaum lohnende Felspartien in der Ruhezone liegen.
2. Hochkalter
Die Kletterzone umfasst die komplette Umrahmung des Blaueiskares bis hinab nach Norden, ungefähr auf die Höhe der Schärtenalm - inklusive der Ostwände von Blaueisspitze und Schärtenspitze. Bereits in der Ruhezone liegt hingegen zum Beispiel das Ofental.
3. Watzmann
Neben der Watzmann-Ostwand hinter St. Bartholomä und den Südabstürzen der Watzmannkinder befindet sich das gesamte Watzmannkar in der Kletterzone.
4. Jenner
Diese Kletterzone beinhaltet mehrere kleinere, erschlossene oder unerschlossene Felsformationen und Boulderblöcke, die von den einheimischen Kletterern nicht veröffentlicht werden. Die Zone reicht vom Malerwinkel am Königssee über das Königsbachtal bis hinauf zur Königstalalm und nach Norden zum Jennergipfel.
5. Hoher Göll
Die gewaltigen Felsabstürze der Göll-Westwand über dem Endstal, sowie seiner Trabanten (Pflughörndl, Hohes Brett) befinden sich in dieser Kletterzone, ebenso die beliebte Brett-Südwestwand. Die Ost- und Nordseite des Hohen Göll liegt bereits außerhalb des Nationalparks.
